Она либо подтянула Nick с сервера
Исключено, Nick вычисляется по указанной выше формуле.
либо скопировала из параметра MyHandle модуля CList
Тоже исключено, протокол ничего про MyHandle не знает. MyHandle это ключ, создаваемый и используемый клистом (он и находится в секции клиста).
Я добавил 646130706, он сразу получил IcqDeleted и Nick = [deleted]. Затем я создал MyHandle = 123, удалил Nick и IcqDeleted, и перезапустился. Nick снова стал [deleted] и создался ключ IcqDeleted (от сервера прилетел флаг deleted:true). Почему у вас иное поведение - загадка...
Попробуйте через редактор базы экспортировать проблемный контакт в ini целиком. А я попробую втащить это себе. Кроме того, какая версия: стабильная или в разработке?
Ещё можно после удаления Nick включить запись
нетлога аська и перезапуститься, а затем поискать в логе проблемный UIN и убедиться, что deleted:true от сервера прилетает. А вот почему Миранда его не обрабатывает именно у вас - сложно сказать.