Логично. При запуске Миранды выполняется очистка NotInList. Затем, при подключении к сети, с сервера прилетает информация, что контакт переименовался в [deleted], и что он не в ростере. Контакт переименовывается и выкидывается в NotInList. При следующем запуске Миранды выполняется очистка NotInList и тут, по всей логике, должно сработать исключение ("если контакт не в локальном списке и называется не [deleted] - стереть").