Проверил.
Если просто взять старый профиль и подключиться с новой альфой, то часть контактов становится серыми. Если ничего не делать и просто перезапустить Миарунду, то после запуска они удаляются. Но если перед перезапуском протыкать у всех серых контактов "Add permanently", то после перезапуска контакты остаются и серыми не становятся.
Пока не ясно, будут ли еще появляться серые контакты и будут ли они потом удаляться после перезапуска Миранды.
Ещё заметил, что после подключения к скайпу в списке появляется какой-то безымянный контакт (в оффлайне). Если его удалить и переподключить скайп, то он опять появляется. Раньше такого не было.