При каждом запуске (наличие сети не обязательно) содержимое NotInList очищается.
При каждом соединении протокола с сетью локальный список сверяется с серверным, отсутствующие на сервере выбрасываются в группу NotInList.
Таким образом, если контакт отсутствует на сервере, но присутствует в базе, при первом запуске (при наличии соединения с сервером) он выбрасывается в NotInList, а при следующем запуске сотрётся, потому что сначала происходит очищение группы, а потом уже все протоколы ломятся в сеть.
Попробуйте. Пока есть резервная копия, то опасаться нечего.