методика внедрения в полноэкранное приложения зависит от того как именно это полноэкранное приложение работает, на данный момент это может быть dx9 dx10 dx11 opengl, во всех есть определенные различия, еще это зависит от того как приложение написано, есть например программы в которые по некоторым причинам не удается внедриться оверлэям.
чтобы понять о чем я говорю можно просто взять и попробовать mumble, я буду делать по тому же принципу, если буду конечно )