В принципе их можно переименовать как надо и после перетасовать контакты.
Хотя можно, у меня же получилось, сначала создал новые группы, перекидал контакты, а освободившиеся бывшие основные удалил, делал на 0.94.6 или 7, как только установил Миранду и переносил контакты из QIP.