Я кстати, не люблю всякие автообновления и обновления через интерфейс программы. Всегда раньше обновлял, скачивая дистрибутив с сайта в виде архива.
Мы иногда переименовываем файлы или перемещаем в другой каталог. Скачивая руками, вы об этом не узнаете (а вот апдейтер чётко знает, что и куда поместить, а что стереть). После "обновления руками" зачастую можно получить незапускающееся приложение, регулярно приходят такие пострадавшие, а мы вынуждены тратить время на разгребание проблем, которые они создали себе сами.
Кроме того, мы периодически портируем в стабильную версию исправления ошибок, без апдейтера вы о них даже не узнаете (на сайте публикуются новости лишь о номерных выпусках, но не о единичных фиксах)
Решение об обновлении всё равно принимает пользователь. А вот сам процесс следует доверить апдейтеру. Он обладает массой настроек, что позволяет настроить по вкусу.
Файлы удалять смысла нет - дампер входит в базовую поставку и прилетает с каждым обновлением ядра, pu_stub аналогично - с обновлением апдейтера. К тому же, pu_stub не увеличивает размер потребляемой памяти, поскольку в XP Миранда его не использует (в XP отсутствует UAC, для работы с которым и нужен pu_stub). При любом вопросе "а как мне сделать вот так-то" мы первым делом запросим у вас
информацию о версиях, которую генерирует дампер, так что он вам ещё пригодится.