Да, автоматически.
А вручную можно хоть сейчас, запустив Миранду с зажатым Ctrl, создав новую базу SQLite и включив там же запуск импорта в сервисном режиме. Затем втянуть всё со старой базы в новую.
Собственно, автоматическая конвертация именно это и делает.