Сначала надо было в принципе научить Миранду хранить историю чатов в базе, а теперь уже можно подумать об отдельной базе.
Тут пунктика очень не хватает "Сохранять в базу" Настройки > Беседы > Чаты > События и фильтры
Точно не тут, потому что это настройки плагина сообщений (плагина, реализующего окно привата/чата). Сначала событие прилетает протоколу, протокол передаёт его на запись драйверу базы, а затем уже драйвер базы уведомляет плагин сообщений, что в базе появилось событие, которое плагин сообщений покажет. Каждый выполняет свою роль, и плагин сообщений в этой цепочке располагается уже после записи события в базу, поэтому он не может и не должен решать, писать событие в базу или нет. Он может решать, писать ли событие в текстовый файл, вот это он может (и делает), потому что запись в файл происходит одновременно с показом сообщения.