Проблема возникает с базами, созданными с помощью ранней версии драйвера MDBX… для успешного обновления сделайте следующее:
После восстановления предыдущей версии программы из резервной копии (\каталог Миранды\Plugin Updates\Backups), войдите в профиль и сожмите его («База данных → Сжать» в главном меню). Сделайте резервную копию профиля и обновите программу.