Если сохранилась и VK-контактов не очень много, тогда можно взять, скажем, текущую стабильную версию в отдельной папке, запустить её с "повреждённой" базой, установить плагин Msg_Export и экспортировать поконтактно историю VK-контактов в формат JSON.
Эти файлы легко открываются текстовым редактором и поиском какой-нибудь строки типа "ебусь с Мирандой" можно удостовериться, что дублей там нет.
Если их и правда нет, то дальше текущую стабильную версию запустить уже с "починенной" базой, которую вы получили и описали выше, и для каждого VK-контакта почистить историю и импортировать её из JSON-файла (ПКМ по контакту - Импорт (и галку "проверять дубликаты" поставить на всякий случай)).
Всё это лучше делать на стабильной версии 0.95.9.1, поскольку в девелоперской сейчас идёт внедрение идентификаторов сообщений и лучше держать мух и котлеты отдельно (в смысле, чтобы на существующую проблему с дубликатами не накладывались ещё возможные глюки девелоперской версии).