Суть в том, что новый протокол (не реализация в Миранде, а протокол в целом), похоже, не предусматривает отправку пароля на сервер при каждом входе.
Пароль (хэш пароля) отправляется единожды, затем сервер присылает токен, по этому токену Миранда входит в дальнейшем. Пароль она больше не использует (но он хранится в базе на случай, если пользователь в личном кабинете завершит все сессии и нужно получить новый токен).
Хотя, это надо будет уточнить, возможно, я ошибаюсь.
Нет, я точно ошибаюсь
Опишите сценарий, от которого вы хотите защититься, возможно, удастся придумать другое решение. Например, "я опасаюсь, что кто-то украдёт мою незашифрованную базу и узнает пароль" - в этом случае поможет шифрование базы.