То, что при вводе незасвеченного номера, создается учетка аськи, это понятно. Должен работать вход по номеру, который привязан только к почте. Я это проверю завтра.
Раз контактов нет в агенте, вероятно, вы их снесли через Миранду каким-то образом. Возможно, их сносит вход в аську через мра (когда юзер логинится в мра по телефону, привязанному к аське). Субконтакты в метаконтакте это такие же контакты, как и прочие, они ничем не отличаются, и если стереть все контакты протокола, то и сабы , принадлежащие протоколу, тоже сгинут.
Ищите резервную копию базы. Я себе так контакты аськи убил)) (залогинился в мра, увидел, что подтянулись контакты аси, ну и грохнул, думая, что это коснется мра... а они стерлись с сервера аси)
