Ожидание это механизм, позволяющий выполнить определённые действия при неактивности пользователя в Миранде или ОС, либо наступлении определённого события (запуск заставки, etc). Например, отключить звуки и перевести протоколы в статус "Отсутствует" (или в любой иной статус).
У меня "Отсутствие" нет, это, вероятно, какой-то плагин добавляет (вычисляется отключением плагинов по одиночке "на лету"). Вполне может быть, что он дублирует некоторые функции Миранды, но имеет какие-то отличия. Поэтому получается два похожих раздела настроек.
Попробуйте сначала убрать это "Отсутствие" вообще (отключив плагин, который его привносит) и проверить, работает ли "Ожидание". Есть мысль, что Миранда умная, понимает, что установлен плагин, дублирующий функции "Ожидания" и отключает работу "Ожидания", полагая, что раз пользователь поставил плагин с "Отсутствием", то его он и желает использовать.
Если "Ожидание" вообще не работает, даже с отключёнными плагинами, то имеет смысл завести тикет на GitHub.