Ahoj, je více možností:
1) Miranda startuje do takového globálního stavu (nastavený např. zkratkou CTRL+<číslo>, nebo přes klasické stavové menu - tzn. když nastavuješ stav všech účtů najednou), se kterým byla vypnuta. Takže když nastavíš globální stav na Online a pak ji vypneš, po dalším spuštění by měla sama nastartovat.
2) Použití pluginu Startup Status, ve kterém si pak v "Možnosti / Stavy / Stav při spuštění" nastavíš, v jakém stavu má jaký konkrétní protokol startovat.
3) Použití pluginu Simple Status Message (pozor, Startup Status v tom případě nesmí být zapnutý), ve kterém si pak v "Možnosti / Stavy" nastavíš, jak má co startovat. Tento doplněk zároveň řeší i příjemnější nastavování stavových zpráv a další funkce, ale možná to nepotřebuješ. Každopádně já používám tuto variantu.