"Дополнительные файлы" - это обычно либо каталоги иконок, которые могут использоваться не только указанным плагином, либо приватные библиотеки, что встречается исключительно редко.
Если вы удалите плагин, дополничельные файлы просто не будут загружаться.
В любом случае, удаление плагинов не предусмотрено. Предполагается, что вы знаете, что делаете, и отключённые протоколы, которыми вы сейчас не пользуетесь, но потом вдруг захотите воспользоваться, будут лежать готовые под рукой, только включи - и можно работать.