Настройки - контакты - игнорировать. Поотключал там все уведомления, но миранда продолжает мигать в трее, когда кто-то входит, например. Похоже, эта проблема наблюдается только с контактами в составе метаконтактов.
Если в настройках игнора убрать (или поставить) галки с нескольких контактов внутри метаконтакта подряд, а затем нажать "применить", миранда запомнит только последнее действие, и отменит изменения с остальными контактами. Да и вообще функция скрытия контактов не работает с субконтактами - приходится убирать человека из метаконтакта, а затем уже скрывать.