Похоже, что если поставлена галка "синхронизировать сообщения с вк", то если удаляю чат на сайте,то история в миранде стирается,верно?
Не верно. "Автоматически синхронизировать последние сообщения" ничего не трет, она просто забирает с сайта последние сообщения до того сообщения, которое у нее уже есть.
Если имеется ввиду "Загрузить историю с сайта", то там - да, локальная история очищается, все сообщения загружаются с сайта. Нормальное и вполне естественное поведение, никаких дополнительных галок или чего-то еще тут не надо.
Короче, при удалении истории с сайта сама по себе она удалиться в миранде не могла. Причина в чем-то другом. Может ты пользователя из друзей удалил, или галку "Автоматически удалять локальные контакты, которых нет в списке друзей" поставил, тут уж ничего сказать не могу.
Таким образом:
Можно-ли как-то добавить еще одну галку типо "если удалена история с вк, не удалять из истории миранды" ?
Во-первых,
Mataes прав, а во-вторых, как я уже сказал, дело не в синхронизации.