Проблема в том, что в корне осталась libmdbx.mir. Она должна была стереться, но по какой-то причине этого не происходит. В новой версии библиотека лежит в Libs, а старая остаётся лежать в корне. Из-за того, что винда при запуске приложения всегда сперва ищет требуемое в корне, первой попадается старая библиотека и драйвер падает.
Таким образом, в качестве временного решения достаточно стереть её вручную после обновления:
- обновиться
- когда Миранда скажет про неизвестный формат профиля, удалить libmdbx.mir из корневого каталога вручную
- снова запустить Миранду