Список чатов каждый раз прилетает с сервака, т.е. они как бы влетают заново при подключении. Поэтому скрытие на них не работает.
Такой же эффект, например, можно наблюдать в Jabber, если параллельно подключена та же учётка через Conversations на мобилке - в клист каждый раз влетает дубль тебя же самого, и пока не добавишь его в ростер, скрыть его нельзя.
Заведёте тикет?