Возможно, проблема появилась после очередного обновления libmdbx.
Мы планируем переходить на SQLite, поэтому проще дождаться этого момента, чем искать проблему в коде, который станет неактуальным уже в этом году.
Если нужно завершать Миранду не штатно через интерфейс, существуют такие варианты как CmdLine, через который можно отдавать команду завершения работы или банальный "taskkill /im", который на моей машине никогда не приводил к повреждению, а пользуюсь им я очень часто.
Завершение через диспетчер, вероятно, эквивалентно вызову taskkill с ключом /f (принудительное прихлопывание без шанса дать программе какое-то время на приведение дел в порядок), что не рекомендуется и приводит к известным проблемам (например, NewStory не успевает подчистить временный контакт, если открыты его настройки).
