Очень непросто воспроизвести проблему.
Всё работает нормально, сообщения ходят, а потом в какой-то момент я по своим делам открываю VK и вижу, что там непрочитанные сообщения, а Миранда молчит.
Поэтому непонятно, в какой момент начинать вести нетлог.
Думал, может, проблема известная какая-то.
Придётся понаблюдать для начала.